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  • 民國34年10月台灣光復由新竹縣接管委員會接收新竹市役所厚生課改為衛生課,同年12月市政府成立隸屬於民政科衛生課。
  • 民國35年10月20日奉准成立新竹市衛生院,設置總務、保健、防疫、醫政、藥政等股,並設門診部辦理新竹、竹東、香山、寶山之衛生業務,38年成立新竹市西區衛生所。
  • 民國39年10月奉令改稱新竹縣衛生院,設一、二、三、四課辦理防疫、醫政藥政,試驗等業務,並成立香山新竹市、竹東、關西、新埔、竹北、湖口、新豐、芎林、橫山、北埔、峨眉、寶山、尖石、五峰等衛生所。
  • 民國51年7月奉令衛生院改為新竹縣衛生局,設一、二、三、四、五、六課,各衛生所改隸於各鄉鎮市公所。
  • 民國63年7月奉令各衛生所改隸新竹縣衛生局。
  • 民國71年7月新竹市公所升格為新竹市政府,縣、市衛生局合署辦公,放76年12月1日,縣市衛生局分署辦公,並將新竹市、香山衛生所歸隸新竹市衛生局。
  • 民國74年6月奉命成立第七課辦理食品衛生管理有關業務。
  • 民國78年4月15日由新竹市世界街110號遷入新竹縣治,竹北市光明七街一號迄今。
  • 民國102年7月22日考試院考授銓法五字第1023748853號函核備本局組織規程暨編制表,修正保健科名稱為「健康促進科」;修正醫政科名稱為「醫政長照科」;原有藥政科、食品衛生科合併成立「食品藥物科」,以及本縣毒品危害防制中心結合精神及心理衛生業務,新成立「毒防心衛科」。
  • 民國113年3月29日考試院考授銓法五字第1135681484號函核備本局組織規程暨編制表,修正醫政長照科名稱為「醫政科」;原有檢驗科、食品藥物科合併成立「食藥檢驗科」,另成立「照護管理科」,專責照護業務。